TRAITEMENT ET MODÉLISATION D’IMAGES

Grâce à un ingénieur ainsi qu’un parc de machine entièrement alloué à ce service, le domaine du post-traitement d’images constitue un axe fort des services développés à l’ITAV. Qu’il s’agisse d’images réalisés sur ou hors site, les ressources humaines, machines et logicielles disponibles via la plateforme répondent aux besoins d’amélioration, reconstruction, visualisation et analyse quantitative, image par image ou par batch entier. En fonction des demandes, le personnel dédié accompagne les utilisateurs au travers des différentes étapes depuis le traitement et d’analyse des données en imagerie biologique jusqu’à la conception de scripts spécifiques permettant de traiter de grands volumes de données.

Les services

  • Reconstruction et visualisation 3D, en profondeur et résolue dans le temps (films) sur des échantillons vivants ou fixés.
  • Traitement de données d’imagerie biologique : accompagnement complet des utilisateurs dans la sélection et l’application des traitements mathématiques les plus adaptés à leurs données biologiques
    Analyse statistique et exploitation des résultats: conseils, ressources logicielles et outils statistiques afin d’analyser, exploiter et mettre en forme les résultats.
  • Développement sur demande de routines dédiées à des traitements d’images spécifiques
  • Formation et/ou accompagnement dans l’utilisation de logiciels d’analyse d’images
Traitement imagerie
Image originelle et version débruitée avec l' algorithme "VSNR" développé par P. Weiss et J. Ferhenbach (équipe PRIMO - ITAV)

Le matériel

Stations d’analyses

 

  • Station d’analyse n°1 (Windows 64 bits) – HP Z800 Workstation – Intel Xeon CPU X5680, 2 processeurs, 64Go RAM
  • Station d’analyse n°2 (Windows 64 bits) – Dell Precision T7600 – Intel Xeon CPU E5-2687W, 2 processeurs, 192Go RAM
  • Station d’analyse n°3 (Windows 64 bits) – Dell Precision T7600 – Intel Xeon CPU E5-2687W, 2 processeurs, 192Go RAM
  • Station d’analyse n°4 (Windows 64 bits) – Dell Precision T7910 – Intel Xeon CPU E5-2680 V4, 2 processeurs, 256Go RAM
  • Station d’analyse n°5 (Windows 64 bits) – Dell Precision T7910 – Intel Xeon CPU E5-2680 V4, 2 processeurs, 256Go RAM
Logiciels
  • Logiciels de traitement et de visualisation 3D : 2 licences IMARIS version 7.7.2 (Bitplane) – Modules : MeasurementPro, ImarisTrack, FilamentTracer, ImarisCell, ImarisXT, 2 licences Amira version 6, 1 licence Arivis-Vision 4D
  • Logiciels de HCS (High Content Screening)
  • Logiciels d’analyses d’images : Icy, FIJI
  • Logiciels de visualisation d’images : Metamorph, Zen
  • Logiciel de développement d’analyse à façon : Matlab